Enciklopedinis žodynas "Šilutės kraštas" [1] nurodo, kad per Šilutės savivaldybės teritoriją teka šios upės ar upeliai.

Aisė, Alksna, Alsė, Ašva, Atmata, Aukštumala.
Balčia, Beržupis, Bikava, Bisa, Budulupė.
Dumblė.
Eisra, Ežeruona.
Galnutė, Gurnupelis (Girnupėlis), Girupis, Grabupė, Graumena, Greižina.
Juodupis.
Kampupė, Karaliaus Vilhelmo kanalas, Kerupalis, Kuražuvinė (Kurpinė).
Lazduona, Leitė, Lendra, Lolyčia.
Minija, Mirglonas.
Naikupė, Nemunas, Nibrinė.
Pakalnė, Palaukys, Palkiotas, Peklaitė, Pelkupis, Pievupis, Pilaitis, Pilupis, Pjaunys, Plaškuotas, Purlė, Purvalankis.
Rizdė, Rusnė, Rusnaitė.
Skardupis, Skatulė, Skirvytė, Stigrė, Surkojus.
Šakutė, Šalna, Šalpė, Šalva, Šelmuo, Šernė, Šiaudė, Šiūšis (Šiūšė), Šyša, Šyšalė, Šustis, Švėkšnalė (Švėkšta).
Telšena (Telšina), Tenenys, Tiesioji, Tulkiaragė.
Ulmas, Upaitis.
Vanagis, Vatina, Veiviržas, Vilkinė, Vilnutis (Vilnutė), Vytinė, Vorusnė.
Zegelinis (Kampė).
Žaizdrupė, Žvelesys.

Šaltiniai.
1. Žinynas.
2. http://ezerai.vilnius21.lt/upes.php